Det vigtigste koncept er Debian-pakkesystemet. Helt grundlæggende erstore dele af dit system under kontrol af pakkesystemet. Dette inkluderer:

For eksempel, hvis du erstatter /usr/bin/perl, vil det fungere, men hvis du opgraderer din perlpakke, vil filen du placerer der blive erstattet. Eksperter kan omgå dette ved at placere pakke på “hold” i aptitude.

En af de bedste installationsmetoder er apt. Du kan bruge versionen for kommandolinjen apt eller værktøjer såsom aptitude eller synaptic (som bare er grafiske brugerflader for apt). Bemærk at apt vil lade dig sammenføje main, contrib og non-free, så du kan have begrænsede pakker (strengt taget ikke tilhørende Debian) samt pakker fra Debian GNU/Linux på samme tid.

Der er officielle og uofficielle programarkvier, som ikke er aktiveret som standard i Debians installation. Disse indeholder programmer, som mange synes er vigtige og forventer at have installeret. Information om disse yderligere arkiver kan findes på wikisiden for Debian under titlen The Software Available for Debian's Stable Release.

Alternative versioner af programmerne håndteres af update-alternatives. Hvis du vedligeholder flere versioner af dine programmer, så læse manualsiden for update-alternatives.

Alle job under systemadministratorens ansvar skal placeres i /etc, da de er konfigurationsfiler. Hvis du har et root-cronjob for daglig, ugentlig eller måndelige kørsler, så placer dem i /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. disse startes fra /etc/crontab, og vil blive afviklet i alfabetisk rækkefølge, hvilket serialiserer dem.

På den anden side, hvis du har et cronjob som (a) kræver at blive afviklet via en speciel bruger, eller (b) kræver at blive afviklet på et specielt tidspunkt eller frekvens, så kan du bruge enten /etc/crontab, eller, endnu bedre, /etc/cron.d/whatever. Disse bestemte filer har også et ekstra felt som giver mulighed for at fastsætte brugerkontoen hvorunder cornjobbet afvikles.

I begge tilfælde kan du bare redigere filerne og cron vil automatisk bemærke dem. Der er ikke behov for at køre en speciel kommando. For yderligere information se cron(8), crontab(5) og /usr/share/doc/cron/README.Debian.