Het belangrijkste concept dat u goed moet begrijpen is het systeem van pakketbeheer in Debian. In essentie komt het erop neer dat een groot deel van uw systeem gecontroleerd wordt door dat pakketbeheersysteem. Daaronder vallen:

Als u bijvoorbeeld /usr/bin/perl vervangt, zal dat werken, maar als u nadien uw perl-pakket opwaardeert, zal het bestand dat u daar geplaatst had, vervangen worden. Geoefende gebruikers kunnen dit omzeilen door in aptitude pakketten te markeren als “te handhaven” (ze on “hold” te plaatsen).

Een van de beste installatiemethodes is apt. U kunt de commandoregelversie van apt gebruiken of gereedschap zoals aptitude of synaptic (die alleen maar grafische frontends zijn voor apt). Merk op dat apt u toelaat de pakketbronnen main, contrib en non-free te combineren, zodat u tegelijk pakketten met verspreidingsbeperkingen (die strikt genomen niet tot Debian behoren) als pakketten van Debian GNU/Linux kunt gebruiken.

Er zijn officiële en niet-officiële softwarebronnen die bij een standaardinstallatie van Debian niet automatisch geactiveerd worden. Ze bevatten software die veel mensen belangrijk vinden en waarvan ze ook verwachten dat ze beschikbaar is. Informatie over die extra bonnen kunt u vinden op deze Wiki-pagina van Debian: The Software Available for Debian's Stable Release (De software die voor de stabiele uitgave van Debian beschikbaar is).

Het beheer van verschillende versies van een bepaalde toepassing gebeurt met update-alternatives. Indien u meerdere versies van een toepassing behoudt op uw systeem, lees dan de man-pagina van update-alternatives.

Alle taken die tot het bevoegdheidsgebied van de systeembeheerder behoren, moeten zich in /etc bevinden, vermits het om configuratiebestanden gaat. Indien u werkt met dagelijkse, wekelijkse of maandelijkse cron-taken van de systeembeheerder, moet u ze respectievelijk in /etc/cron.{daily,weekly,monthly} opnemen. Deze taken worden vanuit /etc/crontab aangeroepen en worden na elkaar in alfabetische volgorde uitgevoerd.

Anderzijds, als u een cron-taak heeft die (a) door een specifieke gebruiker of (b) op een specifiek moment of met een specifieke frequentie uitgevoerd moet worden, kunt u ofwel /etc/crontab gebruiken, of nog beter zelfs, /etc/cron.d/willekeurige-naam. Deze specifieke bestanden bevatten een extra veld waarin u kunt specificeren onder welke gebruikersaccount de taak uitgevoerd wordt.

In beide gevallen dient u enkel de bestanden te bewerken. Het cron-mechanisme zal ze automatisch opmerken. U dient daartoe geen speciaal commando uit te voeren. Raadpleeg voor bijkomende informatie de man-pagina's cron(8) en crontab(5) en het bestand /usr/share/doc/cron/README.Debian.