Para apagar un sistema Debian GNU/Linux activo, no debe reiniciarlo con el botón «reset» que se encuentra en frente o detrás del ordenador, o simplemente apagarlo. Debian GNU/Linux debe apagarse en una forma controlada, algunos ficheros podrían perderse y/o producirse daño al disco si no lo hace así. Si está ejecutando un entorno de escritorio encontrará, generalmente, una opción para “cerrar su sesión” disponible desde el menú de aplicación que le permite apagar (o reiniciar) el sistema.

También puede presionar la combinación de teclas Ctrl+Alt+Del . Una última opción si la combinación de teclas no funciona es acceder como superusuario y utilizar las órdenes necesarias. Utilice reboot para reiniciar el sistema. Utilice halt para parar el sistema sin apagarlo por completo ^[14]. Para apagar el equipo, utilice poweroff o shutdown -h now. El sistema init systemd proporciona órdenes adicionales para hacer las mismas funciones. Como por ejemplo: systemctl reboot o systemctl poweroff.