Det viktigaste konceptet att få grepp om är Debians paketsystem. Stora delar av ditt system bör anses vara under paketsystemets kontroll. Dessa inkluderar:

Till exempel om du ersätter /usr/bin/perl kommer det att fungera men om du uppgraderar ditt perl-paket kommer filen du placerade där att ersättas. Experter kan komma runt det här genom att ”hålla kvar” paket i aptitude.

En av de bästa installationsmetoderna är apt. Du kan använda kommandoradsversionen av apt samt verktyg som aptitude eller synaptic (som bara är grafiska klienter för apt). Observera att apt också låter dig slå samman main, contrib och non-free så att du kan ha begränsade paket (som strängt taget inte tillhör Debian) samt paket från Debian GNU/Linux på samma gång.

Det finns officiella och icke-officiella mjukvaruförråd som inte är aktiverade i som standard vid intallation av Debian. Dessa innehåller mjukvara som många tycker är viktiga och förväntar sig att ha. Information om dessa ytterligare förråd kan hittas på wikisidan med titeln The Software Available for Debian's Stable Release.

Alternativa versioner av programmen hanteras av update-alternatives. Om du hanterar ett flertal versioner av dina program, läs manualsidan för update-alternatives.

Alla jobb under systemadministratörens ansvar bör ligga i /etc eftersom de är konfigurationsfiler. Om root har ett cronjobb för dagliga, veckomässiga eller månatliga körningar, lägg dem i /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Dessa startas från /etc/crontab och kommer att köras i alfabetisk ordning.

Men om du har ett cronjobb som (a) behöver köras som en speciell användare, eller (b) behöver köras vid en speciell tidpunkt eller frekvens, kan du antingen använda /etc/crontab, eller ännu bättre, /etc/cron.d/vadsomhelst. Dessa speciella filer har också ett extra fält som låter dig bestämma under vilket användarkonto som cronjobbet ska köras.

I annat fall kan du bara redigera filerna och cron kommer att upptäcka dem automatiskt. Det finns inget behov att köra ett speciellt kommando. För mer information, se manualsidorna cron(8), crontab(5) och /usr/share/doc/cron/README.Debian.