El concepto más importante a entender es el sistema de paquetes Debian. Esencialmente, podría considerarse que gran parte de tu sistema está bajo el control del sistema de paquetes. Esto incluye:

Por ejemplo, si sustituyes /usr/bin/perl, éste funcionará, pero si luego actualizas tu paquete perl, se sustituirá el fichero que pusiste en su lugar. Los usuarios avanzados pueden evitar esto poniendo los paquetes en estado “hold” (“retenido”), en aptitude.

Uno de los mejores métodos de instalación es apt. Puedes usar la versión de línea de órdenes apt también como herramientas como aptitude o synaptic (que son simplemente interfaces gráficas para apt. Ten en cuenta que apt también te permitirá combinar «main», «contrib» y «non-free», de este modo puedes tener paquetes restringidos (que estrictamente hablando no forman parte de Debian) así como paquetes de Debian GNU/Linux al mismo tiempo.

Hay repositorios de software oficiales y no oficiales que no se activan durante la instalación predeterminada de Debian. Contienen software que muchos consideran importante y esperan tener. Se puede encontrar información sobre estos repositorios adicionales la wiki de Debian litulada The Software Available for Debian's Stable Release.

Las versiones alternativas de la aplicaciones se manejan con «update-alternatives». Si mantienes múltiples versiones de tus aplicaciones, lee la página de manual de «update-alternatives».

Cualquier tarea bajo supervisión del administrador del sistema debe estar en /etc, puesto que éstos son ficheros de configuración. Si tienes una tarea de cron de root que se ejecuta diariamente, semanalmente o mensualmente, colócala en /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Estos programas se invocan desde /etc/crontab y se ejecutarán en orden alfabético, con lo que se serializan.

Por otro lado, si tienes una tarea de cron que (a) necesita ejecutarse como un usuario específico o (b) necesita ejecutarse en un momento o frecuencia específica, puedes usar tanto /etc/crontab como /etc/cron.d/cualquier-cosa. Estos ficheros específicos también tienen un campo adicional que te permite definir la cuenta de usuario bajo la que se ejecuta la tarea.

En cualquier caso, simplemente edita los ficheros y cron se dará cuenta automáticamente. No hay necesidad de ejecutar una orden especial. Para más información consulta cron(8), crontab(5) y /usr/share/doc/cron/README.Debian.