Наиболее важно разобраться в системе управления пакетами Debian. В сущности, большая часть системы находится под контролем системы управления пакетами. Сюда входят:

Например, если вы замените /usr/bin/perl, он будет работать, но позже, если вы обновите пакет perl, файл, который вы положили будет заменён. Эксперты могут обойти это, установив на пакеты флаг «hold» в aptitude.

Один из лучших методов установки пакетов — apt. Вы можете использовать версию для командной строки apt, а также такие инструменты как aptitude или synaptic (которые являются графическими оболочками apt). Заметим, что apt также позволяет объединить main, contrib и non-free, так что вы можете устанавливать ограниченные пакеты (строго говоря, не принадлежащие Debian), а также пакеты из Debian GNU/Linux, вместе с обычными.

Есть официальные и неофициальные репозитории ПО, которые не не включены в установку Debian по умолчанию. В них содержится ПО, которое многие считают полезным и хотели бы его иметь. Информацию о дополнительных репозиториях можно найти на вики-странице Debian The Software Available for Debian's Stable Release.

Альтернативность версий приложений управляется с помощью программы update-alternatives. Если вы работаете с несколькими версиями одного приложения, прочитайте страницу руководства к update-alternatives.

Любые работы относящиеся к администрированию системы должны проводится в каталоге /etc, так как там расположены конфигурационные файлы. Если у вас есть ежедневные, еженедельные или ночные задания cron для суперпользователя, поместите их в каталог /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Они вызываются из /etc/crontab и запускаются в алфавитном порядке.

С другой стороны, если задания: (а) нужно запускать от определённого пользователя или (b) нужно запустить в определённое время или с определённой частотой, вы можете использовать или /etc/crontab, или, что лучше, /etc/cron.d/имя_задания. Это особые файлы, они содержат дополнительное поле, позволяющее вам указать учётную запись пользователя, от которого будет выполняться задание cron.

В любом случае, просто отредактируйте файлы, и cron обнаружит эти изменения автоматически. Не нужно запускать специальную команду. Подробная информация доступна в cron(8), crontab(5) и /usr/share/doc/cron/README.Debian.