Pour arrêter un système Debian GNU/Linux, vous ne devez pas redémarrer en appuyant sur le bouton-poussoir « reset » sur le devant de votre ordinateur, ni simplement arrêter l'ordinateur. Debian GNU/Linux doit être arrêté de la bonne manière, sinon des fichiers pourraient être perdus et le disque pourrait être endommagé. Si vous avez un environnement de bureau, il existe une option « éteindre l'ordinateur » disponible dans le menu qui permet d'éteindre ou de redémarrer le système.

Vous pouvez aussi appuyer sur la combinaison de touches Ctrl+Alt+Del. Si cette combinaison ne fonctionne pas, vous pouvez aussi vous connecter en tant que superutilisateur et exécuter les commandes nécessaires. Utilisez reboot pour redémarrer le système, halt pour arrêter le système sans couper l'alimentation ^[17]. Pour éteindre la machine, utilisez poweroff ou shutdown -h now. Le système d'initialisation systemd fournit des commandes additionnelles qui effectuent la même chose, par exemple systemctl reboot ou systemctl poweroff.